12.000 tahun setelah peristiwa di Genesis Aquarion, manusia hidup di bintang Vega di bawah ancaman terus-menerus dari makhluk trans-dimensi yang disebut Penculik. Musuh-musuh ini berasal dari saudara perempuan Vega, bintang Altair, dan menyerang Vega demi kehidupan manusia. Sebagai tindakan balasan, sebuah organisasi yang dikenal sebagai Neo-DEAVA dibentuk untuk memerangi para Penculik. Mereka mengemudikan setelan mecha canggih yang disebut Aquaria dan dipisahkan secara ketat berdasarkan gender. Anak laki-laki dan perempuan tidak diperbolehkan melakukan kontak; mereka bahkan dilarang bertarung di medan perang yang sama. Namun, kejadian berubah secara mengejutkan ketika setelan mecha Penculik tingkat lanjut ikut terlibat. Dua remaja, Mikono dan Amata, terseret ke dalam konflik. Tanpa disadari, Amata melakukan suatu tabu saat memanggil Aquaria dan menginisialisasi apa yang disebut Persatuan Terlarang antara Aquaria jantan dan betina. Neo-DEAVA terkejut, dan dampak dari tindakan Amata lebih luas dari yang dia sadari. Bagaimana dia bisa memanggil Aquaria? Dari mana dia belajar membentuk Persatuan Terlarang? Dan kenapa Mikono juga bisa mengemudikan mecha suit?

Catatan: Sinopsis diterjemahkan secara otomatis oleh Google Translate.